Hristiyan Ortodoks Kilisesi'nin yönetimi altında olan Kilise Kurulu. Patrikhane, Roma İmparatoru Büyük Konstantin tarafından kuruldu. Roma, İskenderiye, Antakya, Kudüs kiliseleri, Hristiyanlığın ilk zamanlarında birer patriklikti. Sonra bu patriklikler birbirlerinden ya ayrıldılar ya da diğerlerinin baskısı altında silindiler. 6 yüzyıla kadar, Hristiyan kiliseleri üç patrikliğe bölündü. Bunlar, Roma, Antakya ve İskenderiye kiliseleriydi. Batı Roma İmparatorluğu sınırları içindeki Hristiyanlar Roma Kilisesi'ne bağlanırken, Bizans Kilisesi de Yunanlaştı. Roma ve Bizans kiliseleri 12. yüzyılda ayrılarak Bizans patrikleri Ortodoksların, Roma papası da Katoliklerin başı oldu. Osmanlılar devrinde ilk patrikhane binası, III. Murat tarafından Fethiye Camii'ne dönüştürülen Pamakaristos Kilisesi'ndeydi. 1574'te Patrik Timoteos, Aya Yorgi Kilisesi'ne geçti.
1720'de Patrik Yeremyones, Fener'deki kiliseyi yaptırdı. Bugün de Rum Ortodoks Patrikhanesi buradadır. II. Mahmut'un sadrazamı Benderli Ali Paşa, Moralı Yunanlılar ile mektuplaştığı için, Patrik Grigorios'u Patrikhane'nin bu kapısı önünde astırdı. O günden beri, Patrikhane bu kapıyı kapalı tutar. İstanbul'dakinden başka 4 Ortodoks patriği daha vardır. İstanbul'daki en büyüğüdür ve "Cihan Patriği" olarak adlandırılır. İstanbul'un fethinden sonra, Patrikhane'ye yeni ayrıcalıklar tanındı. Osmanlılar devrinde patrikhanenin bazı idarî ve siyasî işlere karıştığı düşünülerek, Lozan barış görüşmelerinde, yetki ve görevi dinî konularla sınırlandı.