Vücutta, besinlerin hücreler tarafından emilip çözüldüğü ve kimyasal dönüşüme uğratıldığı sistem. Ağız, mekanik ve kimyasal sindirimin başladığı yerdir ve kabaca; dişler, dudaklar, dil ve tükürük bezleri olmak üzere dört bölümden oluşur. Dudaklar, besinlerin alınmasını sağlarlar. Dişler, besinlerin parçalara ayrılmasını sağlayan yapılardır. Dil, dişler yardımıyla parçalanmış besinlerin tükürükle karıştırılmasını sağlar ve yutmaya hazır hâle getirir. Dil altı, kulak altı, çene altı olmak üzere üç bölgede bulunan tükürük bezleriyse, kuru besinlerin ıslatılmasını sağladığı gibi, ağız içinin kurumasını önleyerek konuşmayı da kolaylaştırır. Yutak, ağızdan gelen lokmaları yemek borusunu iletir. Diğer görevi de burundan alınan havayı küçük dil ve gırtlak yardımıyla soluk borusuna iletmektir. Yemek borusu, yutaktan gelen lokmaları mideye iletir. Yutak ve yemek borusunda sindirim gerçekleşmez.
Mide, sindirim sisteminin en geniş kısmını oluşturur. Çiğneme, yutkunma ve düşünme, mide duvarındaki bezlerden mide öz suyunun salgılanmasını başlatır. Yine mide duvarında bulunan bazı hücreler mukus salgılar. Midenin her yerine ulaşan bu mukusun görevi mideyi asit etkisinden korumaktır. Mide özsuyunda bulunan ve pasif hâlde olan pepsinojen enzimi, hidroklorik asitle (HCI) aktif hâle getirilir. Pepsin oluşumu proteinlerin sindirimini başlatır. Midede sindirimi başlamış besinler, mide duvarındaki düz kasların kuvvetli kasılıp gevşemesiyle, ince bağırsağın ilk bölümü olan onikiparmak bağırsağına gönderilir.
İnce bağırsak, mideden sonra gelen 3 cm çapında 7,5 m boyunda karın boşluğunda kıvrımlar yaparak kalın bağırsağa kadar uzanan boru şeklinde bir yapıdır. Sindirim sisteminin en önemli bölümüdür. İnce bağırsağın iç yüzeyinde yüzeyi genişleten girinti ve çıkıntılar vardır. İnce bağırsak hücrelerinin oluşturduğu bu girinti ve çıkıntılar villus olarak adlandırılır. Midedeki asitli bulamaç ince bağırsağa geldiğinde, ince bağırsak bezlerinden bir hormon salgılanır. Kana karışan bu hormon, safra kesesi ve pankreası uyararak bu yapıların ince bağırsağa salgı boşaltmasını sağlar. Karaciğer, pankreas ve ince bağırsaktan salınan salgılarla proteinlerin, karbon hidratların ve yağların sindirimi tamamlanır. İnce bağırsakta sindirim sonucunda oluşan besin yapı taşları bağırsak hücrelerinin villusları tarafından emilir. Villuslar tarafından emilen besinler, buradaki kılcal kan damarlarına aktarılır.
İnce bağırsaktan emilen besinler iki yolla dolaşım sistemine taşınırlar. Bunlardan biri kan yoluyla diğeri de lenfler yardımıyladır. İnce bağırsak villusları tarafından emilen glikoz, aminoasit, mineral, vitamin ve su kılcal kan damarlarına, buradan karaciğer toplardamarıyla karaciğere, karaciğerden toplardamarla alt ana toplardamarıyla kalbin sağ kulakçığına taşınırlar. Lenflerle de yalnızca yağ asitleri ve gliserolleri taşınır. İnce bağırsaktaki emilimin ardından geriye kalan maddeler kalın bağırsağa gider. Kalın bağırsakta kimyasal sindirim gerçekleşmez. Canlıların kalın bağırsağına yerleşmiş bakteriler buraya gelen besinlerle beslenirler. Bakterilerin salgıladıkları enzimlerle de selüloz sindirilir. Ancak bu olay yalnızca geviş getiren memelilerin bağırsaklarında gerçekleşir. Kalın bağırsaktaki atıkta, su ve mineraller gibi yararlı maddeler de bulunur. Bu maddeler kalın bağırsak tarafından emildiğinde geriye kalan ve canlı için hiçbir yararı bulunmayan atık maddeler rektuma gönderilir ve oradan da anüsle dışarı atılır.