Târihçi yazar. 10 Aralık 1890'da Başkırdistan'ın Sterlitamak şehrinde doğdu. İlk tahsiline Ötek Medresesinde başladı. Gayri Rus Muallim Mektebi ve Kazan Üniversitesinde tahsil hayâtına devam etti.
Tahsilini tamamladıktan sonra Kazan Kasimiye ve Ufa Osmaniye Medreselerinde Arap edebiyatı ve Türk târihi dersleri verdi. Kazan Üniversitesi Târih Coğrafya ve Etnografya Derneği adına Taşkent, Buhara, Fergana'da târih, edebiyat ve etnografya araştırmalarında bulundu (1913-1914). Bu araştırmalar sırasında Yûsuf Has Hâcib'in yazdığı Kutadgu Bilig adlı eserin yeni bir nüshasını buldu. Ufa Müslümanlarının temsilcisi olarak 1916'da Duma'ya seçildi. 1917 Sovyet devriminden sonra Başkırdistan topraklarında bir Türk Devleti kurdu. 1920'de bu devletin başkanlığına seçildi. Sovyet idâresi ile arası açılınca, Güney Türkistan'a giderek, Sovyet idâresiyle mücâdele eden basmacılarla işbirliği yaptı. Mücâdelesinin başarısızlıkla neticelenmesi üzerine Fransa'ya gitti. Paris kütüphânelerinde ve Berlin Devlet Kütüphânesinde doğu yazma eserleri üzerinde çalıştı.
Zeki Velîdi Togan, 1925'te Türkiye'ye çağrıldı. 1927'de İstanbul Dârülfûnûnunda Türk târihi ve târihte usul muallimliğine tâyin edildi. 1932'de yapılan Birinci Türk Târih Kongresinde resmî târih tezine aykırı fikirler savunduğu için görevinden ayrılmak zorunda kaldı. Daha sonra Viyana'ya gitti. Viyana Üniversitesinde İbn-i Fadlan'ın Seyahatnâmesi adlı teziyle doktorasını bitirdi. Bonn ve Göttingen üniversitelerinde ders verdi.
1939'da tekrar Türkiye'ye dönen Zeki Velîdi, İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesinde profesör olarak göreve başladı. Daha sonra ordinaryüs profesör oldu. Turancı siyâsî faaliyetlerde bulunduğu iddiasıyla 1944'de tutuklandı. Bir sene kadar tutuklu kaldıktan sonra, mahkeme sonucunda berat etti. 1948'de Edebiyat Fakültesindeki görevine tekrar döndü. 1950'de İslâmî Tetkikler Enstitüsünü kurarak, ölünceye kadar bu enstitünün müdürlüğünü yaptı. İstanbul'da 1970'te öldü.
Zeki Velîdi, genelde Rusya ve Orta Asya'daki Türkler üzerine 300 kadar makâle ve kitap yazdı. Anılarını Hatıralar adlı eserinde 1961'de yayınladı. Diğer eserlerinden bâzıları şunlardır: 1) Bugünkü Türkeli Türkistan ve Yakın Târihi (1947), 2) Umûmî Türk Târihine Giriş (1946), 3) Târihte Usul (1950), 4) Türklüğün Mukadderâtı Üzerine (1970), 5) Oğuz Destanı.